Nasceu em Tóquio, em 1935. Quando tinha dez anos, teve que se refugiar no norte do Japão devido à Segunda Guerra Mundial. De acordo com a própria autora, essa experiência de vivenciar uma guerra durante a infância desencadeou nela um caráter rebelde e teve um impacto profundo na sua maneira de ver o mundo.
Graduou-se em literatura inglesa na Universidade de Waseda, em 1957. Aos 25 anos, ela emigrou para o Brasil, onde viveu por dois anos, e viajou ainda por Europa e América do Norte. Após o seu retorno para o Japão, começou a publicar livros, inclusive Ruijinnyo shonen, Burajiru o tazunete [O Brasil e meu amigo Luizinho] (1970), inspirado por sua vivência em terras brasileiras. Hoje, soma em torno de duzentos títulos publicados — entre livros ilustrados, contos juvenis, antologias de ensaios e traduções — e vários prêmios.
O primeiro volume da série Majo no Takkyubin, sobre a bruxinha Kiki, foi lançado em 1985 e recebeu os prêmios Noma e Shogakukan, tendo sido também selecionado para a Lista de Honra da IBBY 1986. Em 2018, Eiko Kadono foi agraciada com o prêmio Hans Christian Andersen.